在东京某个位于西国立市的神社内，有三名可疑男子正在密谈。突然有个戴着假面具的黑影男人出现，用日本刀和弓箭在瞬间将三人杀害，与此事件同时，大阪、京都也相继发生了杀人事件。警方在经过调查后发现，被杀害的五人都是出没于东京、大阪、京都三地，专门偷窃著名佛像及艺术品的盗窃集团[源氏莹]的成员，另一方面，小五郎带着柯南、小兰和圆子来到了京都。八年前，位于京都的古老的寺院——山能寺中的一尊国宝级佛像遭到偷窃，寺院的主持委托他们解一幅可以判断佛像藏匿地点的迷样的画像，因而请来了小五郎帮忙。柯南怀疑佛像是遭到盗窃集团